وقتی این آیات را بررسی کنیم متوجه می‌شویم که هیچ تناقضی بین آیات نیست. به عنوان مثال آیات سوره انفال مربوط به دو زمان است. در ابتدای کار که مسلمین خیلی پر انگيزه و قوی بودند تعداد بیشتری از دشمنان را شکست می‌دادند ولی پس از گذشت زمان که افراد جديدي مسلمان شدند و آن تربيت اسلامي را نيافته بودند، مجموعاً مسلمانان ضعیف الایمان شدند قرآن می‌گوید الآن تعداد کمتری را می‌توانید شکست دهید. حال، کجای این آیات تعارض دارد. مستشکل اشتباها فکر کرده دو آیه پشت سر هم نازل شده و مربوط به یک زمان است و تناقض دارد در حالی که اگر متن دو آیه را خوب می‌خواند متوجه می‌شد که دو آیه مربوط به دو زمان است.
مورد دیگری که به عنوان تناقض آورده شده است در مورد مقدار هر روز در قیامت است. در جواب باید گفته شود که زمان بر همه یکسان نمی‌گذرد. گذر زمان نسبی است. کسی که امور برایش سخت است زمان برایش طولانی‌تر می‌گذرد. در روز قیامت نیز برای برخی، زمان طولانی‌تر است. همچنین واقعا ممکن است حالاتی وجود داشته باشد که در آن حالات زمان واقعا متفاوت بگذرد. از آیات قرآن بدست می آید که ممکن است زمان از دیدگاه دو شخص به دو صورت بگذرد.
با این توضیحات می‌فهمیم اشکال مطرح شده نه تنها وارد نیست بلکه اتفاقا این آیات که دو زمان را برای قیامت بیان کرده است نوعی رازگویی علمی است و می‌تواند اشاره به نسبیت زمان داشته باشد.
و اما در مورد اشکالش به آیات سوره فصلت باید گفت که ایشان به معنای «یوم» توجه نکرده و فکر کرده است «یوم» هميشه به معنای شبانه روز يا 24 ساعت است در حالی که یوم به معنای دوره است و يك شبانه روز يكي از مصداقهاي «يوم» است نه تنها معناي آن. پس «يوم» چند روز و چند سال را نيز شامل می‌شود مثلا وقتی گفته می‌شود یوم صفین یعنی مدت زمانی که جنگ صفین طول کشید. حال، سته ايام که خدا در آن، آسمانها و زمین را خلق کرد به معنای 6 دوره است. و اما اربعة ايام که در آیه 10 سوره فصلت به آن اشاره شده است به معنای 4 فصل يك سال است.
واقعا این مستشکل چرا فکر می‌کند فقط خودش می‌فهمد؟ واقعا کتابی که 14 قرن است که نور افشانی می‌کند و این همه انسان‌های بزرگ همانند ابوعلي سينا و فارابي و ملا صدرا و… پيرو آن شده‌اند آیا چنین کتابی یک حساب عددی ساده را اشتباه می‌گوید؟ آیا ایشان فکر نمی‌کند که خودش اشتباه می‌فهمد؟ چطور ممکن است کتابی مثل قرآن که بزرگان و متخصصان از علوم مختلف تابع آن هستند یک حساب عددی ساده را اشتباه گفته باشد و این همه متخصص، نفهمیده باشند؟ از همین جا می‌فهمیم اشکال از شما مستشکل است نه از قرآن. شما فهم خود را به قرآن نسبت داده و بعد فکر کرده‌اید که قرآن اشتباه گفته است.
و اما بد نیست در همین‌جا که بحث تناقضات قرآن مطرح شد به این نکته نیز اشاره کنم که کسی اگر می‌خواهد به قرآن اشکال بگیرد نباید به آیات دو پهلو اشاره کند چرا که اشکال، زمانی اشکال است که مستشکل بگوید این آیه 100 درصد فلان معنا را دارد و تازه فلان معنا، 100 درصد باطل و اشتباه است. واقعا کدامیک از موارد مطرح شده در اشکال این خصوصیت را دارند؟ اصلا مستشکل برخی از آیات را کاملا اشتباه معنا کرده است نه اینکه حتی آن معنا به عنوان یک احتمال ضعیف از آیه برداشت شود.
خوب است در همین‌جا برای روشن شدن بهتر بحث به داستانی از امام حسن عسکری(ع) اشاره کنم:

ابن شهر آشوب می‌نویسد اسحاق کندی که از فلاسفه اسلام و عرب به شمار می‌رفت و در عراق اقامت داشت، کتابی تالیف نمود بنام «تناقض‌های قرآن!» او مدت‌های زیادی در منزل نشسته و گوشه‌نشینی اختیار کرده و خود را به نگارش آن کتاب، مشغول ساخته بود روزی یکی از شاگردان او به محضر امام عسکری‌(ع) شرفیاب شد. ‌هنگامی که چشم حضرت به او افتاد، فرمود
آیا در میان شما مردی رشید وجود ندارد که گفته‌های استادتان «کندی» را پاسخ گوید؟
یکی از شاگردان عرض کرد: «ما همگی از شاگردان او هستیم و نمی‌توانیم به اشتباه استاد اعتراض کنیم.
امام فرمود: «اگر مطالبی به شما تلقین و تفهیم شود، می‌توانید، آنرا برای استاد خود نقل کنید؟
شاگرد گفت: آری
امام فرمود: «از اینجا که برگشتی به حضور استاد برو و با او به گرمی و محبّت رفتار نما و سعی کن با او انس و الفت پیدا کنی، هنگامی که کاملاً انس و آشنایی به عمل آمد، به او بگو: «مساله‌ای برای من پیش آمده است و آن اینکه آیا ممکن است گوینده قرآن از گفتار خود معانی‌ای غیر از آنچه شما حدس می‌زنید اراده کرده باشد؟
او در پاسخ خواهد گفت: بلی، ممکن است چنین منظوری داشته باشد. ‌دراین هنگام بگو: شما چه می‌دانید، شاید گوینده قرآن معانی دیگری غیر از آنچه شما حدس می‌زنید، اراده کرده باشد و شما الفاظ او را در غیر معنای خود به کار برده‌اید؟ امام در اینجا اضافه کرد. ‌او آدم باهوشی است، طرح این نکته کافی است که او را متوجه اشتباه خود کند
شاگرد به حضور استاد رسید و طبق دستور امام رفتار نمود تا آنکه زمینه برای طرح مطلب مساعد گردید: سپس سؤال امام را به این نحو مطرح کردکهآیا ممکن است گوینده‌ای سخنی بگوید و از آن مطلبی اراده کند که به ذهن خواننده نیاید؟ و به عبارت دیگر: مقصود گوینده چیزی باشد مغایر با آنچه در ذهن مخاطب است؟
فیلسوف عراقی با کمال دقت به سؤال شاگردش گوش داد و گفت: «سؤال خود را تکرار کن
شاگرد سؤال را تکرار نمود استاد تاملی کرد و گفت: «آری، هیچ بعید نیست، امکان دارد که چیزی در ذهن گوینده سخن باشد که به ذهن مخاطب نیاید و شنونده از ظاهر کلام گوینده چیزی بفهمد که وی خلاف آن را اراده کرده باشد
استاد که می‌دانست شاگرد او چنین سؤالی را از پیش خود نمی‌تواند مطرح نماید و در حدّ‌ اندیشه او نیست، رو به شاگرد کرد وگفت: «تو را قسم می‌دهم که حقیقت را به من بگویی، چنین سؤالی از کجا به فکر تو خطور کرد؟
شاگرد: «چه ایرادی دارد که چنین سؤالی به ذهن خود من آمده باشد؟
استاد: «نه تو هنوز زود است که به چنین مسائلی رسیده باشی، به من بگو این سؤال را از کجا یاد گرفتی؟
شاگرد: «حقیقت این است که ابو محمد امام حسن عسکری ‌(علیه‌السّلام)» مرا با این سؤال آشنا کرد
استاد: اکنون واقع را گفتی، سپس افزود: «الان جئتَ بالحقّ و ما کانَ لِیَخْرُجَ مثلُ هذا الاّ مِن ذلک البیت؛ چنین سؤال‌هایی تنها زیبنده این خاندان است
آنگاه استاد با درک واقعیّت و توجه به اشتباه خود، دستور داد آتشی روشن کردند و آنچه را که به عقیده خود درباره «تناقض‌های قرآن» نوشته بود تماماً سوزاند.(پایان)
اگر امثال این مستشکل مثل اسحاق کندی تعصب را کنار می‌گذاشت او نیز اشکالات خود را پس می‌گرفت.