اولا باید گفته شود که خود پیامبر(ص) مسجد ضرار را خراب نکرد و اصلا خراب کردن مسجد ضرار در قرآن نیامده است.
ثانیا بر فرض که این اتفاق افتاده باشد به نظر می‌رسد وقتی مطلبی در قرآن می‌آمده خود افراد و مسلمانانی که متعصب و قریب العهد به جاهلیت بودند چنین کارهایی را انجام می‌دادند و پیامبر(ص) نیز نمی‌توانسته جلو آنها را بگیرد.
حال اگر مسلمانانی چنین کردند معلوم نیست مورد رضایت پیامبر(ص) بوده باشد.
فرق است بین کاری که خود پیامبر(ص) انجام داده و کاری که دیگران انجام می‌دهند. همچنین فرق است بین کاری که پیامبر(ص) دستور می‌داده با کاری که بدون دستور پیامبر(ص) انجام شده و پیامبر سکوت کرده است.
سکوت ضرورتا به معنای رضایت کامل نیست و شاید پیامبر(ص) راضی نبوده ولی چاره‌ای نداشته است. پس سکوت پیامبر(ص) باید تفسیر شود.
علاوه بر این باید به موقعیت و شرائط هر زمان نیز نگاه کرد. می‌توانید به تفاسیر قرآن، ذیل آیات 107 تا 110 سوره توبه مراجعه کنید تا با شرائط و موقعیت مسلمانان و علت ساخته شدن مسجد ضرار در آن زمان آشنا شوید. شاید اگر خراب نمی‌شد و به پایگاه منافقان تبدیل می‌شد مسلمانانی که به آن مسجد می‌رفتند دائما مورد آزار قرار می‌گرفتند. شاید شرائط آن زمان به صورتی بوده که اگر مسجد خراب نمی‌شد دردسرهای زیادی برای مسلمین درست می‌شد و شایدهای دیگر. به هر حال موقعیت آن زمان دقیقا برای ما روشن نیست. البته دوباره به این نکته اشاره کنم که خراب کردن مسجد ضرار در قرآن ذکر نشده است.